Im Altonaer Museum finden sich in vielen Sammlungszusammenhängen Keramiken, da im norddeutschen Raum, dem Ostseeraum und in den Niederlanden vom 17. bis ins 20. Jahrhundert zahlreiche Töpfereien und Fayence-Manufakturen Geschirre, Öfen, Fliesen und Zierobjekte fertigten. Hervorzuheben ist die Fliesenausstattung in den 17 originalen Bauernstuben, mit denen begüterte Haus- und Hofbesitzer, Kapitäne und Seefahrer die Gute Stube schmückten. Die Fliesen sind mit biblischen Motiven, Hirtenszenen, Landschaften und Tieren, Rapport- oder Tapetenmustern in Blauweiß, Manganviolett oder in bunten Farben bemalt. Zumeist hergestellt in den Niederlanden und Nordfriesland, waren die Fliesen ein kostbarer und pflegeleichter Wandschmuck sowie ein Schutz für die Mauern vor Nässe von außen. Die Vielfalt der Fliesen vom 17. bis 19. Jahrhundert dokumentiert das Museum außerdem anschaulich mit einer systematischen Sammlung in Fliesenkästen, die im kleinen Treppenhaus zu sehen sind, neben prachtvollen Ornamentfliesen auch Darstellungen von Kinderspielen, Handwerkern und Soldaten, Schiffen und Meeresgetier sowie großen kostbaren Fliesentableaus, die wechselnden Zeitgeschmack und Moden veranschaulichen.