Das Bauwerk von Rafael Moneo beherbergt eine Sammlung, die schon seit mehr als 175 Jahren besteht. Der Schwerpunkt der Dauerausstellung ist die römische Zeit und besteht fast ausschließlich aus Fundstücken aus Emerita Augusta. In Zukunft wird sich das Museum mit der Rolle Méridas in der Spätantike und zur Zeit der Westgoten zu Beginn des Mittelalters beschäftigen.