Träger der Windmühle ist der am 1.12.1992 gegründete gemeinnützige Wilhelmsburger Windmühlenverein e. V. Er ist im Vereinsregister des Amtsgerichts Hamburg unter VR-Nr. 13993 eingetragen. Rund 460 Mitglieder tragen zum Erhalt des Galerieholländers bei, den der Verein 1997 im Erbbaurecht von der Stadt Hamburg übernommen hat. Die lfd. Unterhaltung der Mühle erfolgt ausschließlich aus den Mitgliedsbeiträgen und Einnahmen aus eigenen Veranstaltungen.
Die 1875 errichtete Windmühle Johanna, seit 1941 eingetragenes technisches Kulturdenkmal, gehört zu den bedeutendsten Trägern der von der Landwirtschaft geprägten Geschichte der Elbinsel Wilhelmsburg. Sie ist das Wahrzeichen und ein über alle sozialen und parteipolitischen Grenzen hinaus bestehender Identifikationspunkt in der Bevölkerung. Sie erbringt ihren ganz eigenen Beitrag zur Stärkung der sozialen Strukturen und des Erlebniswertes des Stadtteils.
Die Wilhelmsburger Windmühle ist laut Gutachten von 1992 „unter den auf Hamburger Stadtgebiet verbliebenen Mühlen, auch unter denen der weiteren Umgebung“, das stattlichste Mühlenbauwerk und dokumentiert das Beste, was der klassische Mühlenbau zu bieten hatte". Sie ist zugleich städtebaulich prägend für das sog. Mühlenviertel, jene neuen Wohnquartiere auf den beiden angrenzenden Bebauungsplan-gebieten Wb 18 „Bei der Windmühle“ und Wb 80 „Kirchdorfer Straße“. Alle sechs neu gebauten Straßen im Mühlenviertel tragen mühlen-bezogene plattdeutsche Namen.
Nach einer aufwendigen Restaurierung der Windmühle in den Jahren 1997-1998 und 2000 erhielt sie auch ihren heutigen Namen „Johanna“.
Grundlage der Übertragung der Windmühle auf den Windmühlenverein und der Gewährung der Zuwendung für die seinerzeitige Restaurierung ist das „Nutzungskonzept für die Wilhelmsburger Windmühle vom Oktober 1996“. Erklärtes Ziel dieses Konzeptes ist die: „Einrichtung eines Erlebnis-Mühlenmuseums in Verbindung mit einem stadtteilspezifischen Veranstaltungs- und Informationsforum“.
Dieser Maxime folgend gibt es seit 1999 regelmäßige Öffnungstage von Mühle und „Mühlencafé“ sowie eine Vielzahl von Veranstaltungen, wie dem „Wilhelmsburger Mühlenfest“, „Tag des offenen Denkmals“, „Slachtfest an de Möhl“ und „Kartoffelfest“. Hinzu kommen noch besondere Zielgruppenangebote wie das „Seniorencafé“ und den „Skat- und Spieleabend“, den „Plattdeutschen Stammtisch De Möhlensnackers“ zur Förderung der plattdeutschen Sprache oder die Veranstaltungsreihe „Musik und Theater in der Mühle“ des Vereins „Kleine Kunst auf Wilhelmsburg e.V. Dieses vielseitige Angebot wird von den Wilhelmsburgern wie auch von Besuchern von jenseits der Norder- und Süderelbe sehr gut angenommen.
Seit 2011 ist die Mühle als Partner des Standesamtes Hamburg-Mitte zugleich auch Hamburgs (einzige) Hochzeitsmühle, in der die Brautpaare ihrem Glück „(Windmühlen-)Flügel verleihen“ können.
Rekonstruktion und Komplettierung der sonstigen Mühlentechnik
Dem Windmühlenverein ist es ein besonderes Anliegen, den jungen und älteren Besucherinnen und Besuchern die vielschichtigen Arbeitsabläufe in einer historischen Mühle zu vermitteln und bemüht sich daher, neben den schon funktionstüchtigen zwei Mahlwerken (– den elementaren Maschinen in einer historischen Mühle –) auch die ergänzenden Müllereimaschinen wieder zum Leben zu erwecken, um ein umfassendes Bild vom Mühlenbetrieb verständlich und didaktisch sinnvoll nachzuzeichnen. Daher wurden im Jahre 2013 die vorhandenen, jedoch defekten oder auch teilweise demontierten Bestandteile Elevator (Transportförderband), der Getreidemischer, die Transportschnecke sowie sämtliche Transmissionsantriebe vervollständigt oderwieder aufgearbeitet. Komplettiert wurde dabei auch die Ausstattung durch den Kauf einer historischen Getreidequetsche, die mit einem Blaumehlzylinder und, einem Sechskantsichter zum Aussieben der Staubanteile in den gequetschten Getreideflocken versehen wurde. Aktuell wurde in 2021 ein weiterer Mahlgang mit neuen Mahlsteinen, überarbeiteter Bütt und Rumpfzeug sowie eine Bauernmühle mit Sichter hergerichtet. Verschleißbedingt hat die Mühle bis Juni 2021 auch eine neue Galerie, von der aus Bremse und Klappenregelung in den Flügeln bedient wird, erhalten.
Im IV. Quartal 2021 wurde die Fassade der 3 steinernen Untergeschosse restauriert und neu gestrichen.
Als letztes Wiederherstellungsprojekt steht der Wiedereinbau der Reinigung (Aspirateur) nebst Metallabscheider (Zyklon) an, die das Silo mit einem Mahlgang verbinden. An der Finanzierung wird z.Z. gearbeitet. Damit wird die Rekonstruktion und Komplettierung der Mühlentechnik zum Stand 1935/36 gemäß besagtem Gutachten abgeschlossen.
